Este lugar posee una extensión lineal de 28 kilómetros largo y 1.5 kilómetros de ancho que sirven como hábitat natural para una gran cantidad de aves costeras y variedad de moluscos marinos.

Este estero de Jaltepeque posee dos bocanas, las cuales son conocidas como Cordoncillo y Tasajera; y es considerado como un bosque de mangle el cual tiene una gran importancia para amortiguar los efectos del cambio climática y ayudar a controlar inundaciones, además de filtrar los tóxicos que son arrastrados por las corrientes de los ríos. La flora y la fauna son abundantes en este lugar que también es un refugio de especies aves costeñas, tanto residentes y migratorias, como garzas, patos, y gaviotas. Además, es hábitat de variados moluscos que se sitúan en las raíces de los manglares. Algunos operadores turísticos ofrecen paseos por el Estero de Jaltepeque, en los cuales puede salir por la bocana El Cordoncillo o la bocana del Río Lempa, ubicada  a un costado de la playa Los Negros.